今回発生した地震について、東西約81kmに伸びる「日奈久断層帯」という断層帯の上で起きたものだと判明している。
これは中央構造線と呼ばれる九州から関東まで及ぶ超巨大・広大な断層系の一部であるとされ、過去にもこの断層系で巨大な地震が発生したと為れている。

大地震が5日の間に九州・四国・関西で発生している。

慶長伊予地震　文禄五年 1596年9月1日

震央：愛媛県
規模：マグニチュード7前後

中央構造線断層帯の川上断層セグメントのトレンチ調査で確認されている最新の活動の有力候補と為れている地震。

慶長豊後地震　文禄五年 1596年9月4日

震央：大分県
規模：マグニチュード7前後
死者：708名

別府湾地震、大分地震などとも呼ばれる。
震源地は現在の大分県別府湾口で、別府湾ｰ日出生断層帯東部の別府ｰ島原地溝帯に沿って発生した大陸プレート内地震である。

慶長伏見地震　文禄5年 1596年9月5日

震央：京都府
規模：マグニチュード7前後
死者：1000人超

現在の京都・伏見付近で発生した大地震。慶長伏見大地震とも呼ばれる。
京都では伏見城天守や東寺、天竜寺等が倒壊し、死者は1,000人を越える。

現在の京都・伏見付近の有馬ｰ高槻断層帯、及び六甲・淡路島断層帯を震源断層として発生した内陸地殻内地震(直下型地震)である。地震による死者の合計は京都や堺で1,000人以上を数えたとも伝えられており、完成したばかりの伏見城天守もこの地震により倒壊し、場内だけで600人が圧死下と言われている。

実は、この慶弔大地震の後に、慶長地震と呼ばれる東海・東南海・南海地震と思われる地震が発生している。被害の規模が広大で、西南は鹿児島、東は千葉県房総半島にまで及んでおり、震域は不明である。