麻原は被害者死亡の報を聞き、「被害者は前世で俺の弟子だった。前世でポアしてくれと請願されて、約束を果たした。」と嘯いたという。
3月4日にこの事件が明るみに出た。教団は名誉毀損で最初に報道した朝日新聞社を訴えたが、他のマスコミも朝日に追随し大々的に報道した。3月18日には「オウム真理教から仮谷清志さんを救出する会」主催による1万人集会が開かれている。
警察は拉致される瞬間を複数の民間人が目撃していたことを受けて捜査を開始し、拉致に使用したレンタカーの書類からオウム信者の松本剛の指紋が採取され、さらにレンタカーから松本の指紋と被害者の指紋と血痕が確認されたことにより、警察がオウム真理教が凶悪事件に関与していたことを確定的に認識する初の事件となった。3月22日に警視庁は拉致監禁の容疑で教団本部に強制捜査に入った。これは、地下鉄サリン事件の2日後だった。

目黒公証役場事務長の死亡については、誘拐罪と殺人罪ではなく逮捕監禁致死罪と死体損壊罪で立件されている。

中川智正死刑囚の最高裁判決（2011年11月18日）の約1か月前（10月21日）に、被害者の長男（当時51歳）は 「父の死因が、監禁のために投与された薬物の影響なのか、それとも殺害の意図をもって点滴に投与された薬物の影響なのか、その真相を知りたくて、中川死刑囚（当時は被告人）に面会した。 中川は点滴中に被害者が死亡したことは認めたが、『積極的に何かしたわけではない。今はこれしかもうし上げられない』と殺害を否定したという。被害者の長男は「父は殺されたと思っていた。中川の話には含みもあり信じ切れない。これからも真実を追及したい」と話した。

平田の行方は長い間不明であったが、2011年（平成23年）12月31日の午後11時50分頃に警視庁丸の内警察署に平田信と名乗る男が出頭。指紋が一致したため平田本人と確認され、翌2012年（平成24年）1月1日未明に逮捕された。

オウム真理教犯罪被害者等を救済するための給付金の支給に関する法律における給付金支給対象事件に指定されている。